Le intolleranze alimentari sono reazioni avverse ad uno o più cibi e non devono essere confuse con le allergie. Nel primo caso, infatti, la reazione non è direttamente modulata dal sistema immunitario e sarebbe più corretto parlare di incapacità dell'organismo di metabolizzare adeguatamente alcune sostanze presenti nel cibo.


Le intolleranze alimentari possono trovare causa nella carenza o mancanza (congenita o acquisita) di enzimi necessari al metabolismo di certe sostanze contenute in particolari alimenti o in gruppi di alimenti.  L'intolleranza al lattosio ad esempio deriva dalla carenza o assenza dell'enzima lattasi che catalizza la scissione del disaccaride nei due monosaccaridi glucosio e galattosio. 


La sintomatologia associata alle intolleranze alimentari è piuttosto variabile: di solito si tratta di problemi intestinali (gonfiori e/o dolori addominali, nausea, diarrea, vomito, iperacidità gastrica), raramente vengono colpiti altri organi. Le allergie, invece, poiché sono scatenate da meccanismi immunologici, possono manifestarsi anche senza sintomi intestinali.
Molti nutrizionisti consigliano l’eliminazione di un alimento o di una combinazione di alimenti sospetti per un periodo di circa due settimane prima di effettuare una prova di verifica. Se in questo periodo i sintomi scompaiono, i cibi sospetti vengono reintrodotti nella dieta, uno per volta, in quantità ridotte e aumentate gradualmente fino a raggiungere la dose normale. Una volta verificati tutti i cibi sospetti, è possibile evitare quelli che causano problemi.